Нет, вес банки не изменится, поскольку при полете муха крыльями опирается на воздух, который, в свою очередь, давит на дно банки. Соответственно, вес остается тот же.
Воздух - это не твердое вещество, которое может давить на опору с постоянной силой. В момент взмаха под крылом создается область "плотного" воздуха, ее размер зависит от размера крыла, скорости и силы взмахов. Однако плотность снижается с расстоянием, и, если взмахи происходят на значительном расстоянии от стенок банки, то за счет упругости воздуха они никак не будут давить на них.
Представьте включенный вентилятор. Чем ближе к нему, тем сильнее воздух, идущий от него, давит на вас. Отходя от него, Вы вскоре окажетесь на таком расстоянии, что даже не будете чувствовать его поток, или просто легкое дуновение достанет вас. А если представить себе, что между вами и вентилятором есть какие-то преграды, то расстояние станет еще меньше.
Так же и в опыте с мухами в банке. Тут важен размер банки, количество мух, место откуда они взлетают. А если, допустим, муха сидит вверх ногами с внутренней стороны крышки?